De deeltjesversneller, genaamd MEA (Medium Energy Accelerator), en aanverwante instrumenten zijn door het NIKHEF in 1998 buiten bedrijf gesteld. In juni 1998 heeft het NIKHEF een eerste plan van aanpak opgesteld voor de ontmanteling van de installaties. Bij het bedrijven van een deeltjesversneller kunnen versnelleronderdelen geactiveerd worden door deeltjes en dus radioactief worden. Dit geldt ook voor materialen die getroffen worden door 'ontsnapte' deeltjes, bijvoorbeeld in vloeren en wanden van de bunker waarin het apparaat is opgesteld. Bij het uiteindelijke vrijgeven van het complex moet daarmee dus rekening worden gehouden, zodat er geen radioactieve stoffen achter blijven.

In haar plan van aanpak streefde het NIKHEF ernaar zoveel mogelijk materialen te hergebruiken of recyclen. Dit mag als aan bepaalde normen voor besmetting kan worden voldaan. Naast de huidige nationale norm voor radioactief afval, die is vastgelegd op 100 Bq/g, heeft het NIKHEF ook rekening gehouden met nieuwe Europese normen die dit jaar van kracht worden. Deze normen zijn opgesteld naar aanleiding van nieuwe inzichten in de risico's van straling. Voor Nederland zal voor de meeste stoffen een strengere norm gaan gelden.

Voor een groot deel van de bij het NIKHEF te verwachten stoffen ligt de nieuwe norm voor vrijgave op 10 Bq/g. Het hoeft dan niet meer behandeld te worden als radioactief afval. Maar dat betekent niet dat ongelimiteerd en ongecontroleerd hergebruik door het recyclecircuit mogelijk is. In deze concentratie zou dat toch een risico voor mensen vormen die ermee in contact komen. Voor ongecontroleerd hergebruik in de metaalhandel hanteert het NIKHEF een limiet van 1 Bq/g, wat is gebaseerd op Europese en andere internationale voorstellen.

NIKHEF stelde voor de volgende praktijk te hanteren. Materiaal met een aantoonbaar lagere concentratie dan 1 Bq/g kan vrijgegeven worden voor hergebruik, zonder dat er speciale controles hoeven plaats te vinden. Tot 10 Bq/g is hergebruik alleen mogelijk onder speciale voorwaarden, bijvoorbeeld doordat de concentratie radioactieve stoffen nog verder afneemt door het metaal te mengen met ander (niet-actief) schrootafval. In een nog hogere concentratie is het storten op een speciale (C-3) afvalstort de meest waarschijnlijke optie. Metaal met een activiteit boven de 100 Bq/g gaat naar de COVRA, de Nederlandse opslagfaciliteit voor radioactief afval.

Rusland toonde belangstelling om de deeltjesversneller over te nemen. Grote delen ervan zijn reeds geëxporteerd. Medio februari 2000 stonden enkele onderdelen van de 'experimenteer-ring' (de apparaten waar de deeltjes uiteindelijk in terecht komen) klaar om verscheept te worden. Daarvoor was nog wel een extra exportvergunning nodig omdat enkele delen licht radioactief waren. Vanwege de afmetingen konden een aantal grote magneten niet naar Rusland, aangezien de Russen geen financiële middelen hadden voor speciale transportcontainers.

Deze magneten waren radiactief, zij het in een lage concentratie van maximaal 0,8 Bq/g. Dit betekent dat ze hadden kunnen worden hergebruikt zonder speciale voorwaarden (ze lagen immers onder de genoemde 1 Bq/g). Het NIKHEF heeft echter geen gegadigde kunnen vinden die geïnterresseerd was in overname, dit vanwege de radioactiviteit. Dit betekende dat de 28.000 kilo metaal naar een C-3 deponie is gebracht en gestort.

Bij de geactiveerde delen is een stralingswaarde gevonden van 5 microSievert per uur (op 10 centimeter afstand). Dit is op zich enkele tientallen malen de normale natuurlijke achtergrondstraling. Maar die straling neemt sterk af op enkele meters afstand. Het zijn dan ook vooral de werknemers in het gebouw, die een dosis straling zullen hebben ontvangen.

Een aantal zogenaamde "bundeldumps" zullen naar de COVRA moeten worden gebracht. Deze cylinders van ongeveer 50 centimeter lengte bevatten aluminium kogels die werden gebruikt als remmateriaal voor deeltjes die aan het eind de versneller verlaten. Deze zijn aan hogere straling blootgesteld en dus ook hoger geactiveerd geraakt. Er bevinden zich enkele van deze dumps in het gebouw. Deze bundeldumps bevatten enkele "hotspots", waar de straling duidelijk hoger ligt en ongeveer een milliSievert per uur bedraagt. Dicht tegen deze hotspots aan, aan het oppervlak, zou je in een uur een hoeveelheid straling ontvangen die gelijk staat aan de jaarlijkse norm voor te ontvangen straling. De intensiteit neemt op afstand (in meters) sterk af, tot niet meer meetbaar. Naar verwachting worden deze onderdelen in de zomer naar de COVRA getransporteerd. Vanwege de specifieke afmetingen wordt nog gewerkt aan speciale opslagvaten.

Ondanks het streven om zoveel mogelijk metaal te recyclen is het niet gelukt potentiële klanten daarvoor te vinden. Alle metaal, met uitzondering van de onderdelen die naar Rusland zijn gegaan, is uiteindelijk gestort.