Door het gebruik van de deeltjesversneller kan ook activering van beton in de ondergrondse bunker hebben plaatsgevonden. Deeltjes die 'lekken' uit de versneller kunnen in het beton op atomen botsen en ze radioactief maken. Dit was ook de oorzaak van verhoogde straling in de vloer van de ruimte C-039 in de NIKHEF oudbouw aan de Oosterringdijk. Enkele radioactieve plekjes waren veroorzaakt door het gebruik van een lineaire versneller in die ruimte. In de ruimte van de cyclotron versneller in het oude G-gebouw werden echter geen radioactieve plekken in het beton gevonden. Hoewel de vloer van C-039 nog niet geheel is onderzocht (er moet ook nog onder de vloer gemeten worden) was de straling laag in vergelijking tot de andere besmettingen die in de oudbouw gevonden werden. Bij één plek op de C-039 vloer was de gemeten straling ongeveer acht keer de normale natuurlijke achtergrondwaarde. Daarentegen werden op de buitenmuur van het voormalige B-gebouw waardes gevonden die tweehonderd keer hoger waren dan de normale achtergrond.

Als beton geactiveerd raakt is het niet zo dat de radioactiviteit alleen dicht onder het oppervlak zit. De deeltjes dringen ook dieper het beton in. Volgens het NIKHEF is voor de huidige ontmanteling te verwachten dat op zo'n 10 centimeter diepte de hoogste waardes gevonden kunnen worden. Metingen aan het oppervlak moeten duidelijkheid geven over eventuele activeringsproducten in het beton.

Als de laatste radioactieve delen van de versneller uit het gebouw zijn kan het NIKHEF die metingen uitvoeren. Die laatste actieve onderdelen moeten eerst weg omdat deze anders de metingen aan de muren zouden beïnvloeden. Aan de hand van de uit te voeren metingen kan het NIKHEF een inschatting maken van eventueel geactiveerd beton. Pas als de waardes daarvan bekend zijn wordt het duidelijk of er eventueel beton moet worden weggehaald.

Aangezien er geen plannen zijn om de versnellerbunker te slopen wil het NIKHEF het gebouw schoon opleveren zodat het aan nieuwe gebruikers verhuurd kan worden. De Inspectie Milieuhygiëne (ministerie van VROM) zal controle uitoefenen en het gebouw uiteindelijk vrij moeten geven voor ander gebruik. De verdieping op maaiveldnivo is inmiddels vrijgegeven voor verhuur aangezien er geen besmettingen waren.