Na de sloop van de gebouwen in 1996 heeft het NIKHEF een bodemonderzoek uitgevoerd naar mogelijke radioactieve vervuilingen op het terrein. In september 1997 heeft overleg plaatsgevonden tussen NIKHEF, de stichting Laka, buurtvertegenwoordigers en de Amsterdamse Milieudienst over de opzet van dit bodemonderzoek. Uit het onderzoek bleek dat het grondwater niet vervuild was met radioactiviteit. In een enkel monster van het grondwater werden de stoffen cobalt-60 en cesium-137 gevonden, maar die lagen ver beneden de norm voor het doen van een uitgebreid onderzoek. Op een aantal plaatsen werden grondmonsters op het terrein genomen en gecontroleerd op radioactieve besmettingen. Bij het voormalige B-gebouw werden in het zand licht verhoogde waardes cesium-137 gevonden. Een hoeveelheid van 14 ton besmette grond, een afvoerleiding en 3 putten zijn direct uitgegraven en afgevoerd. De besmetting was waarschijnlijk afkomstig uit de ruimte B026, waar bij de sloop ook radioactieve besmettingen verwijderd moesten worden. In zand tussen een aantal ondergrondse afvalwatertanks bij het C-gebouw werden sporen van de stoffen plutonium-239/240 en americium-241 aangetoond. De concentraties lagen een factor 8 onder de norm voor het doen van verder onderzoek. Andere grondmonsters rond andere gebouwen en een drietal exra stralingsmetingen op het terrein wezen verder niet op radioactieve besmettingen in de bodem.

Na het bodemonderzoek formuleerde de stichting Laka de volgende aanbevelingen voor de sanering van het terrein (zie ook Bodemonderzoek voormalig NIKHEF-terrein, stichting Laka, maart 1999):

-opgraven en onderzoeken afvoerleidingen van gebouwen waar met radioactieve stoffen is gewerkt (A, B, C en E-gebouw);
-verder onderzoek naar vervuiling rond afvalwatertanks en controleren tanks op besmettingen; afgraven van de licht vervuilde grond;
-onderzoek in de bodem onder de vloer van de voormalige deeltjesversneller (ruimte C039);
-onderzoek naar mogelijk besmette delen in de muur van kelderruimtes CK14/16 en afvoerleiding uit de ruimte CK 16;
-onderzoek of resten van voormalige sloot onder C-gebouw nog aanwezig zijn;
-rekening houden met onverwachte zaken in de bodem, vanwege het begraven van radioactief afval in de vijftiger jaren.

Na de onrust die was ontstaan bij de sloop van de gebouwen in 1996 is voor het uitvoeren van de bodemsanering bijzondere aandacht besteed aan overleg tussen partijen en voorlichting richting de omwonenden. Als adviseur van de buurtorganisaties heeft de stichting Laka diverse gesprekken gehad met het NIKHEF, het Gemeentelijk Grondbedrijf, de Milieudienst en andere betrokken instanties. Naast de stichting Laka was ook Vusse Milieuadvies bij deze gesprekken betrokken. Annemarie van de Vusse adviseerde de buurtorganisaties over de chemische vervuilingen op het terrein. Het overleg tussen de partijen resulteerde uiteindelijk in concrete afspraken over de uit te voeren werkzaamheden en communicatie met de buurt. In december 2000 werd een bijeenkomst voor buurtbewoners georganiseerd en direct voorafgaand aan de sanering werd in februari 2002 een tweede informatieavond gehouden. Ook werden omwonenden en andere belanghebbenden op de hoogte gehouden van de werkzaamheden door brieven van het Grondbedrijf.

In het overleg tussen de partijen heeft het NIKHEF uitdrukkelijk beloofd alle radioactieve besmettingen te verwijderen die door het IKO/NIKHEF waren veroorzaakt. Dit betekende dat niet alleen de besmettingen zouden worden afgevoerd die volgens de Nederlandse Kernenergiewet (Besluit Stralenbescherming) boven de norm lagen, maar ook de lichtere besmettingen die volgens die normen hadden mogen blijven zitten. Onder het motto "alles wat tikt gaat weg" (een besmettingsmeter 'tikt' bij het meten van radioactiviteit) zou de sanering worden aangepakt, dus ongeacht welke normen daar officieel voor zouden gelden.

Het bodemsaneringsproject is met een jaar vertraging op 11 maart van start gegaan. De vertraging werd onder andere veroorzaakt door het te laat aanvragen van een lozingsvergunning voor opgepompt grondwater en de lange inspraakprocedure die daaraan verbonden was. De bodemsanering vond plaats van maart tot juni toen de laatste chemische en radioactieve vervuilingen verwijderd waren, de kelders gesloopt en de ontstane gaten opgevuld waren met schoon zand. Tijdens de sanering was een stralingsdeskundige van het NIKHEF verantwoordelijk voor het doen van metingen aan mogelijk besmette objecten. Bij deze werkzaamheden was deze stralingsdeskundige continu aanwezig. Het NIKHEF werd bijgestaan door de Röntgen Technische Dienst (RTD), een bedrijf gespecialiseerd in radiologische werkzaamheden. Vanuit de overheid fungeerde de Inspectie Milieuhygiëne Zuid-West (tegenwoordig VROM-Inspectie Regio Zuid-West geheten) als toezichthouder op de radioactieve sanering. Een vertegenwoordiger ervan is aanwezig geweest op de eerste saneringsdag en werd verder op de hoogte gehouden met dagrapporten. De stichting Laka is een aantal keren aanwezig geweest bij de werkzaamheden en werd verder op de hoogte gehouden met dagrapporten van het NIKHEF waarin de resultaten van de metingen werden vermeld.