Het kabinet heeft het dossier kernenergie ondergebracht bij het nieuwe ministerie van Economische Zaken, Landbouw en Innovatie (ELI). Dat staat op gespannen voet met internationale afspraken met zowel het Internationaal Atoomenergie Agentschap als het Europese kernenergieagentschap Euratom. Beide agentschappen verbieden dat het orgaan dat verantwoordelijk is voor de vergunningverlening voor kerncentrales ook energiepolitiek bedrijft. Dit om belangenverstrengeling te voorkomen, bijvoorbeeld als de politiek ernaar streeft kernenergie te bevorderen. En in het regeerakkoord staat dat meer kernenergie nodig is om minder afhankelijk te worden van andere landen bij de energievoorziening. Een woordvoerder van het ministerie van ELI ontkent dat internationale verdragen worden geschonden.
In 1999 werden de taken op het gebied van vergunningverlening voor kerncentrales van EZ overgeheveld naar VROM. Uit stukken uit die tijd blijkt dat de bewindslieden zich destijds mede hebben laten leiden door de internationale kernenergieverdragen.